Ján Škrobák 2005 óta a pozsonyi Comenius Egyetem jogi karának oktatója. Doktori disszertációját 2009-ben védte meg, 2016-ban pedig egyetemi docens lett. 2015 óta a kar dékánhelyetteseként dolgozik, és tagja a kar Tudományos Tanácsának. Aktív tagja több szakértői bizottságnak, többek között a Közbeszerzési Hivatal és a Honvédelmi Minisztérium fellebbviteli bizottságainak. Számos kurzust tart a közigazgatási jog és az építésjog területén. Aktívan részt vett több kutatási projektben és több tudományos konferencia társszervezője.